6月2日凌晨1时，清华园出现第一张大字报。中午，大字报大量涌现。有700多张大字报声援北大，很快矛头指向校党委，指向蒋南翔5月报告。清华造反派头头之一沈如槐回忆，当日最早贴出蒋南翔大字报的是热002班，题为《蒋南翔究竟站在什么立场上？》。“压001班”汲鹏、郑聪来等四人质问：“蒋南翔你跟着谁的指挥棒转？”，说蒋南翔是反毛泽东思想“权威”的。
经历了反右的清华党委相当老练，沉得住气。蒋南翔多年经营，号召力、战斗力的确不含糊。党委副书记、宣传部长艾知生布置反扑，指示“不要通过组织系统去做，要找一些思想观点一致的人去做”。清华党委还想再酝酿一次反右，没想到这次是最高领袖遥控指挥革命小将，反的就是你们这些在位的“党内走资本主义道路的当权派”，横扫一切“牛鬼蛇神”，拔除其“司令部”，更换接班人。
同日，清华附中用“红卫兵”署名，发表第一张大字报，题为《誓死保卫无产阶级专政！誓死保卫毛泽东思想！》，声称“凡是违背毛泽东思想的，不管他是什么人，不管他打着什么旗号，不管他有多么高的地位，统统都要砸得稀烂”。
6月3日，刘少奇主持中央政治局扩大会议，决定团中央领导北京中小学文化革命，向重点学校派遣工作组。新华社受权公布两个消息：中共中央改组北京市委；北京新市委改组北京大学党委、撤销陆平和彭珮云一切职务。
同日，清华贴出上万张“保卫校党委”、“保卫蒋南翔”、“党委姓马”的歌颂大字报。保卫蒋南翔和校党委的人数占据压倒多数，与反对人数之比是10000:700。前一日反对蒋南翔和校党委的一些师生被迫写检讨，承认自己“第一炮没放准”。
清华文艺社团当时有四位政治辅导员：印甫盛、胡锦涛、李桂秋、任丽翰，昵称分别叫老印、大帅、李桂、小翰。四人联名写了一张保卫校党委的大字报，题为《清华党委是延安不是西安》，由支部书记老印主导，胡大帅只是在上面签名（万润南《学长胡锦涛》）。
6月3日上午，高教部部长兼清华大学校长、党委书记蒋南翔来清华召开党委常委扩大会议。下午，清华党委副书记、宣传部长艾知生召开“左派”（即拥护党委）的干部会，称：“57年反右用了两个月，这次反击只用了一个下午，说明了八年成绩。”
同日，蒋南翔信心十足，对清华党委常务副书记刘冰说，周总理要他负责高教部、教育部两部的文化大革命工作，还要他亲自过问一下西安交大的运动。（刘冰《风雨岁月：1964-1976年的清华》）强烈暗示周恩来还信任他，他的职位依然稳。
同日，蒯大富写了第一张大字报《捍卫清华党委，就是捍卫党的领导；捍卫清华方向，就是捍卫社会主义》，旗帜鲜明“保蒋”。在政治运动中迅速催熟的蒯大富，尝试两边押宝、政治投机。他担心校党委可能犯错误，担心自己跟得太紧吃大亏，也留个心眼、留条后路，又写了《也向校长质疑》的大字报。
6月初，以教育部办公厅主任赵秀山、司长肖克杰为代表的左派，率先开始批判高教部部长蒋南翔。随后，这些人在本部门受到压制。
6月4日上午8时，清华传达北京市委书记李雪峰的报告，随后大字报纷纷炮轰校党委。自动控制系廖先湜的大字报《清华党委是三家村黑店的分号》，再次将矛头指向校党委。“自9班”郑易生（北京市委书记处书记郑天翔之子）等九人贴出三份大字报，批评校党委在毛选学习、文化大革命、教育路线上都有问题。
同日19时，清华自9班学生刘涛（中共中央副主席、国家主席刘少奇之女）等7个高干子弟，贴出反蒋南翔、反校党委的大字报，题为《这些事实说明了什么？》，震惊全校。
6月5日，《人民日报》头版头条发表社论《做无产阶级革命派，还是做资产阶级保皇派？》。
上午9时，清华学生刘涛、贺鹏飞（军委副主席、国务院副总理贺龙元帅之子）、乔宗淮（外交部副部长乔冠华之子）、胡劲波（团中央书记处常务书记胡克实之子）、袁塞风（总政治部保卫部副部长袁光之子）等7个高干子弟，再贴反蒋南翔、反校党委大字报，题为《清华党委应采取积极态度领导文化大革命》，再次震惊全校。
大字报声称，“我们根据毛主席的教导，觉得清华党委这种做法是为自己辩护的，是完全错误的。希望你们认真学习文件，改变我们学校领导不力的情况，不要再做这种蠢事往我们学校抹黑。”
经历反右斗争的人们，对政治运动已如惊弓之鸟。“一般学生哪敢写反党委的大字报？反右斗争的教训铭刻人心”（王大定《我在清华大学经历的文化大革命》）。的确，一般人哪敢对清华党委工作指手画脚？哪敢公开严厉地指责清华党委“领导不力”、做法“完全错误”、“往我们学校抹黑”？哪敢以居高临下的口吻要求“应采取积极态度”、“不要再做这种蠢事”？
清华学生中的高干子弟们带头造校党委的反，再迟钝的人也看出政治苗头和风向，蒋南翔成为“泥菩萨”了。
6月5日上午，蒋南翔打电话告诉艾知生，荣高棠曾打电话给自己，说贺龙副总理对清华运动不满。蒋南翔政治斗争经验丰富，已察觉到自己的危险处境。他对艾知生说：“要变被动为主动，现在高干子弟的压力未解除，弄不好要通天。”
贺龙当时还主持中央军委日常工作，对清华“文革”初期的表现不满，没想到比他更位高权重的人对他也不满，贺龙很快被打倒反噬。1967年9月13日，毛泽东批示“同意”，中央成立专案组审查贺龙，康生任组长，1969年6月9日被迫害致死，“九•一三事件”后才平反。周恩来没有如保陈毅一样死保贺龙，实际也保不住他，心中愧疚，所以不顾医生劝阻，硬撑着晚期癌症的身体，1975年6月9日去八宝山出席贺龙骨灰安放仪式，亲自致悼词，并一连鞠了七个躬。
5日上午11时，蒋南翔赶到清华召开全校大会，作《高举毛泽东思想红旗，充分发动群众，将文化大革命进行到底》报告。他主动做检讨，指出“保卫校党委”的口号是错误的，表示“引火烧身”；还顺着梯子，用刘涛、贺鹏飞等高干子弟的大字报为自己定调，试图缓解压力和矛盾。
6月6日，蒯大富贴出《再向校长质疑！》大字报。当日起，北京城里的四中、十三中等学校和海淀区八大学院附中的学生络绎不绝地来到清华附中，声援红卫兵。
6月7日，贺鹏飞、刘涛、刘菊芬（全国人大副委员长刘宁一之女）等高干子弟三贴反蒋、反校党委大字报。北大生物系学生杨涛等人横插一腿，跑到清华烧把火，张贴反对清华大学党委的大字报，声援批判蒋南翔，“揭露”蒋南翔在北大历史系半工半读班开学典礼上颂扬邓拓的“罪行”，与清华学生激烈辩论至12:30方散。清华立刻紧急召开党委会议，决定各系干部立即赶赴现场，劝说清华同学不再争论，让开一条路，把北大同学“护送”（实质“押送”）出校门。
6月8日，清华反蒋、保蒋的大字报和大辩论愈演愈烈。一场关于清华党委究竟是“延安”还是“西安”、是“红线”还是“黑线”的争论趋于白热化。
同日下午4时，艾知生接到北京新市委的电话通知，晚上工作组进校。当晚，冶金工业部副部长、工作组副组长周赤萍到清华，向校党委副书记刘冰、胡健、艾知生宣布：“从现在起，学校工作由工作组领导，明天工作组人员进校，学校党委停止工作。”刘冰在回忆录中指责，周赤萍是“骄横的将军部长”、“来者不善，是很明显的”，你一言我一语，校党委三个副书记与周赤萍当场吵了起来。
也是当晚，中央派人召集高教部、教育部两个部的司局级以上干部开会，联合批判蒋南翔，批了一夜，硬说他是黑帮。高教部批判与北京市委工作组接管清华的节奏完全同步，指向一致，刘冰在回忆录中认为，“显然是有计划的突然袭击”，“并非巧合，而是中央和北京新市委的统一部署，这是毫无疑问的”。
同日，新斋前贴出自005班以班长于火为首的29人联名大字报《评蒋校长6月5日报告》，直接抨击校党委，引起轰动。同学纷纷抄录，《解放军报》记者也来拍照、索要原稿。蒯大富和任传仲在大字报右下角签了“我同意──蒯大富、任传仲”，此时清华还是“蒋天下”，在清华广播台工作的蒯大富因此被赶出校广播台。广播台长说：“蒯大富你去参加文化大革命吧，这里的工作你就别管了。”
6月9日清晨，刘冰打电话向蒋南翔报告与周赤萍、杨天放（林业部副部长，清华工作组另一副组长）谈话情况。蒋在电话中告知刘冰，“我现在正在给总书记和总理写报告，请求中央免去我的领导职务，我不能再继续领导部里的工作和两个部的‘文化大革命’”；“昨晚我说健康的人不怕检验体格，现在再补充一句，应该坚持真理，修正错误，彻底的唯物主义者是无所畏惧的。”（刘冰《风雨岁月：1964-1976年的清华》）
同日，中宣部副部长、国务院文教办公室主任张际春夫人罗屏来到高教部“辟谣”说，蒋南翔传达的所谓张际春几点指示纯系谣言。曾因反蒋受孤立的左派们扬眉吐气，而拥蒋的“保皇派”则痛表决心反戈一击。蒋南翔闻讯赶到，试图与罗屏礼节性地握手，教育部大院的红卫兵们急得满头大汗地喊：“别跟他握手！他是坏人！”罗屏立即缩回了手。
同日，北京新市委派出以国家经委副主任叶林为组长的528人工作组进驻清华大学，接管一切大权。高教部副部长兼清华党委副书记高沂贴出大字报，与蒋南翔划清界限。张际春在高教部宣布：蒋南翔是黑帮，已被停职反省。
同日下午，艾知生态度180度大转弯，匆忙找周赤萍说：“我们过去贯彻的是黑线，我犯了立场错误。”周当场顶回去，说：“你说晚了，回去写检查吧！”
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